ออพติมัส ไพรม์ ได้ออกเดินทางกลับไปยังดาวไซเบอร์ตรอน ซึ่งเป็นดาวบ้านเกิดของตน แต่กลับพบว่าดาวถูกทำลายพินาศไปแล้ว เขารู้สึกผิดที่มีส่วนทำให้ดาวถูกทำลายลง จึงต้องกลับมายังโลกมนุษย์เพื่อตามหาวัตถุลึกลับชิ้นหนึ่ง ซึ่งเชื่อมโยงไปถึงเมอร์ลิน พ่อมดในตำนานสมัยกษัตริย์อาเธอร์ แต่การกลับมาครั้งนี้ ออพติมัส ไพรม์ ได้ถูกตราหน้าว่าเป็นศัตรูของเหล่ามนุษย์ชาติ เนื่องจากมีการก่อตั้งกองกำลังทหาร TRF ขึ้นมาเพื่อทำลายล้างทรานส์ฟอร์เมอร์ที่ยังคงหลงเหลืออยู่บนโลกมนุษย์ เขาต้องตามหาเคด เยเกอร์ ชายหนุ่มผู้สามารถสื่อสารกับออโตบ็อตได้ และสืบหาต้นตอของเรื่องราวทั้งหมด